Existen varios cientos de especies de bacterias diferentes, situadas principalmente en el colon.
El tracto gastrointestinal es estéril cuando nacemos, pero desarrolla rápidamente una micro flora intestinal que varía en función de factores tales como las circunstancias del nacimiento, la alimentación en la infancia, el uso de antibióticos, la dieta y la edad.

La función principal del intestino es absorber agua y nutrientes.
La labor específica de la micro flora del colon durante la digestión consiste en fermentar la sustancias aportadas por los alimentos (por ejemplo, las fibras alimentarias), que no pueden digerirse en el intestino delgado.
Esta fermentación produce, entre otras moléculas, ácido láctico y ácidos grasos de cadena corta (acético, propiónico y butírico).
Este último proporciona energía al revestimiento de la pared del colon, mejora la absorción de minerales e influye de manera beneficiosa en el metabolismo de la glucosa y los lípidos en el hígado.

Existen tres vías principales a través de las cuales el intestino actúa como sistema de defensa.

La primera es mediante la micro flora que alberga, que protege contra las invasiones bacterianas. Entre los mecanismos se encuentran la disputa por los nutrientes y los receptores en la pared del intestino y la creación de un medio adverso para los patógenos (por ejemplo, un pH bajo).

En segundo lugar, las células de la pared intestinal no sólo absorben nutrientes, sino que además constituyen una barrera protectora que impide la entrada de sustancias dañinas.

En tercer lugar, el intestino dispone de un sistema inmunológico compuesto por células (inmunecitos) especializadas.
Los inmunecitos son capaces de generar una respuesta innata propia y al mismo tiempo desencadenan la producción de anticuerpos, proteínas que atacan a otras proteínas llamadas antígenos -en este caso, el patógeno invasor- para desactivarlas y eliminarlas del cuerpo. Nuestra flora intestinal comunica con las células del sistema inmunológico gastrointestinal y el hígado para presentar una respuesta coordinada ante los antígenos alimentarios y los microorganismos nocivos.

Por tanto, la micro flora intestinal es esencial para que el mecanismo de protección funcione correctamente. De hecho, no tener un buen equilibrio bacteriológico en el intestino se asocia con afecciones como el síndrome del intestino irritable, la inflamación del intestino, el cáncer de colon y la gastroenteritis.
Los cambios en la dieta y en los hábitos alimentarios, así como el uso de antibióticos, pueden desestabilizar el equilibrio de la micro flora intestinal, disminuyendo la cantidad de bacterias beneficiosas, como el lacto bacilo y la bifidobacteria, con respecto a la presencia de microorganismos dañinos o patógenos, como el clostridium o el enterococo.

Se han desarrollado algunos productos alimentarios capaces de modificar la composición de la micro flora intestinal y, posiblemente, mejorar la salud. Estos productos contienen prebióticos, prebióticos y simbióticos (una combinación de prebióticos y prebióticos), que según han demostrado numerosos estudios clínicos tienen efectos prometedores.

Los prebióticos (como bacterias lácticas específicas) son microorganismos vivos que, si se ingieren en cantidades suficientes, aportan beneficios para nuestra salud además de alimentarnos. Se encuentran sobre todo en productos lácteos fermentados.

Los prebióticos son componentes alimentarios no digeribles que pertenecen a la familia de las fibras que sirven de alimento a determinados microorganismos de la flora intestinal y estimulan su crecimiento o actividad (por ejemplo, especies de bifidobacterias o lactobacilos). Se encuentran de manera natural en algunos alimentos (por ejemplo, cebollas, alcachofas, plátanos, endibias y puerros) o se pueden añadir a otros alimentos (como el pan o a las galletas).

Es preciso proseguir las investigaciones sobre la importancia de la micro flora del colon para la salud y el bienestar.
Sin embargo, los descubrimientos realizados hasta la fecha revelan una influencia positiva en el estreñimiento, la diarrea, el sistema inmunológico, el cáncer y la absorción de minerales. Por esta razón, cada día se concede más importancia al hecho de cuidar la micro flora del intestino a fin de mejorar la salud.