La función principal de la Dirección de Auditoría General, es dirigir las actividades de control interno y fiscalización de los procesos administrativos institucionales y de prestación de servicios de salud, con el apoyo de investigaciones técnicas sobre actos u omisiones que constituyan indicios de corrupción, para erradicarlos.  Cuando la Dirección de Auditoría General lo crea conveniente, o a requerimiento de la Junta Directiva, deberá reportar directamente a ésta.