La Contraloría General reporta directamente a la Junta Directiva del Instituto y depende administrativamente de la Gerencia.

Su función principal, es dirigir y coordinar las actividades de control interno y fiscalización Institucional, así como dirigir los planes de trabajo de los Departamentos de Auditoría Interna y Auditoría de Servicios de Salud, dentro de los cuales resaltan los procesos administrativos de planificación, financieros, servicios de salud, prestaciones pecuniarias, integridad y transparencia y auditoría de sistemas de información; utilizando para ello investigaciones técnicas, científicas y profesionales que permitan detectar oportunamente actos u omisiones que puedan redundar en una mala gestión administrativa, siendo por ende un órgano con carácter eminentemente preventivo.
Adoptar las políticas, planes, programas y estrategias para el adecuado manejo administrativo y financiero del Instituto Guatemalteco de Seguridad Social.
(Según acuerdo No. 1241-18 Dic. '09 de J.D.)

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