La Subgerencia de Integridad y Transparencia Administrativa fue creada mediante el Acuerdo Número 1150 de Junta Directiva, el 3 de febrero de 2005, con el propósito de ser la instancia responsable dentro del Instituto Guatemalteco de Seguridad Social de monitorear y transparentar los procesos institucionales. Su labor se orienta a prevenir prácticas corruptas que puedan afectar el patrimonio o la imagen del Instituto, así como a fomentar la transparencia en las operaciones institucionales a través de la supervisión e investigación de denuncias.

Asimismo, esta Subgerencia vela por la integridad del recurso humano mediante la promoción de principios y valores fundamentales. Es reconocida por su ética, profesionalismo y compromiso en la vigilancia y desarrollo de políticas y acciones que aseguran que la administración del Instituto se realice con estricto apego a la legalidad y la ética, garantizando el cumplimiento transparente y eficaz de los programas institucionales en beneficio de la población derechohabiente.