Es la autoridad suprema del Instituto y, en consecuencia, le corresponde la dirección general de las actividades de éste (Artículo 3 de la Ley Orgánica del Instituto Guatemalteco de Seguridad Social, Decreto 295 del Congreso de La República). La Junta Directiva está integrada por seis miembros propietarios y seis miembros suplentes. Actualmente la integran los siguientes miembros propietarios:
| Por el Organismo Ejecutivo | Lic. José Adolfo Flamenco Jau, Presidente |
|---|---|
| Por la Junta Monetaria del Banco de Guatemala | Lic. Manuel de Jesús Archila Cordón |
| Por el Consejo Superior de la Universidad de San Carlos de Guatemala | Dr. Mario David Cerón Donis, Segundo Vicepresidente |
| Por el Colegio de Médicos y Cirujanos de Guatemala | Dr. Luis Rodolfo Narciso Chúa, Vocal I |
| Por el sector Patronal | Sr. Oscar Eduardo Montoya White, Vocal II |
| Por el sector Laboral | Sr. Adolfo Lacs Palomo, Vocal III |
| Secretario | Lic. José Fernando Sierra Cóbar |
|---|---|
| Secretario Adjunto | Lic. David Arnoldo Reyes Alonzo |